Dalla luminosa Cappella Nuova del Miracolo ci si immette nella suggestiva penombra della Grotta di Santa Cristina, composta da un ampio vestibolo con la Cappella del Corpo di Cristo e da una basilichetta ipogea.
Qui è custodito l'altare, un pregevole manufatto dell'VIII secolo sul quale, secondo la tradizione, avvenne il prodigio eucaristico. La pala in ceramica, raffigurante la duplice scena del calvario e del miracolo, è opera di Benedetto Buglioni, e venne eseguita nel 1496.
Sull'arco, che dal vestibolo immette nella basilichetta, è un affresco attribuibile forse al secolo XIII. Quest'ultima è l'ampliamento medievale di una primitiva memoria ad corpus sulla tomba della santa martire Cristina. È questo il primitivo luogo di culto della basilica, che si fece spazio distruggendo parte della catacomba.
Di fronte all'abside è una stupenda statua quattrocentesca, opera di Benedetto Buglioni (sec. XV), raffigurante la santa nel sonno della morte.
Gli affreschi della volta sono del XVI secolo, mentre quello dell'abside, raffigurante san Pietro, del XV. Si accede quindi alla sottostante tomba della martire, un semplice sarcofago del IV secolo, riportato alla luce negli scavi archeologici del 1880, che contribuirono a far luce sull'esistenza della primitiva comunità cristiana di Bolsena, la quale conobbe nello sviluppo singolare della catacomba (fine III secolo - primo ventennio del V) l'espressione più significativa della sua fede e della sua devozione.
